Optimasi Suhu Annealing Primer matK dan trnL-trnF pada DNA Pleiospermium littorale (Miq.) Tanaka

Abstract

Pleiospermium littorale (Miq.) Tanaka merupakan kerabat liar jeruk endemik Indonesia yang terancam punah. Upaya konservasi diperlukan sebagai bentuk perlindungan terhadap diversitas yang didukung oleh metode identifikasi yang presisi dan akurat, salah satunya dengan pendekatan molekuler. PCR merupakan teknik yang digunakan untuk menghasilkan salinan segmen DNA tertentu yang melibatkan proses annealing menggunakan primer spesifik. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan suhu annealing yang tepat bagi primer matK dan trnL-trnF sehingga menghasilkan hasil amplifikasi spesifik pada DNA P. littorale. Ektraksi DNA pada daun yang masih muda menggunakan buffer CTAB. Tahapan PCR melibatkan pra-denaturasi, denaturasi, annealing, ekstensi, dan ekstensi akhir. Sebanyak 2 pasang primer digunakan dalam penelitian ini yaitu matK dan trnL-trnF. Proses annealing pada kedua primer menggunakan variasi suhu 40-60℃ dan divisualisasikan pada gel agarosa 1,5%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa suhu annealing optimal masing-masing primer yakni 60℃ untuk primer matK dan 58℃ untuk primer trnL-trnF yang ditandai dengan pita tunggal, intensitas pita yang jelas, dan ukuran amplikon yang tepat. Ukuran pita dari masing-masing primer adalah sekitar 700 bp untuk matK dan sekitar 400 bp untuk trnL-trnL. Hasil penelitian ini mengindikasikan jika suhu optimal dari masing-masing primer dapat digunakan untuk penelitian lebih lanjut, misalnya DNA barcoding dan studi keragaman genetik pada P. littorale.