Optimasi Suhu Annealing untuk 12 Primer Inter Simple Sequence Repeat (ISSR) pada Sampel DNA Melothria pendula L. (Cucurbitaceae)

Abstract

Melothria pendula L. merupakan salah satu tumbuhan yang tumbuh liar di area Kebun Raya Bogor (KRB). Keragaman genetik M. pendula dapat diketahui dengan menggunakan marka molekuler Inter simple sequence repeat (ISSR). Marka ISSR merupakan penanda yang berbasis PCR dan dinilai sebagai penanda yang sederhana, cepat, dan efektif untuk identifikasi keragaman genetik. Penelitian ini bertujuan untuk optimasi suhu annealing primer ISSR yang digunakan sebagai studi keragaman genetik M. pendula. Sampel daun M. pendula sebagai bahan ekstraksi DNA menggunakan metode CTAB. DNA yang sudah berhasil diisolasi digunakan sebagai cetakan untuk optimasi 12 primer ISSR (ISSR1, ISSR2, ISSR3, ISSR4, ISSR5, ISSR6, ISSR7, ISSR8, ISSR9, ISSR10, ISSR11, dan ISSR12) menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR) pada gradien suhu annealing (52-54℃ dan 55-59℃). Hasil penelitian menunjukkan bahwa 11 dari 12 primer ISSR yang digunakan dapat diketahui suhu optimumnya. Suhu annealing optimum untuk primer ISSR7 dan ISSR12 adalah 52 ℃. Suhu annealing optimum untuk primer ISSR5 dan ISSR8 adalah 53,6 ℃. Suhu annealing optimum untuk primer ISSR6, ISSR10 dan ISSR11 adalah 54 ℃. Suhu annealing optimum untuk primer ISSR9 adalah 55 ℃. Suhu annealing optimum untuk primer ISSR3 dan ISSR4 adalah 57,2 ℃. Suhu annealing optimum untuk primer ISSR1 adalah 59 ℃. Primer ISSR2 belum dapat ditentukan suhu optimum annealing-nya. Sebelas primer yang telah diketahui suhu annealing-nya dapat digunakan untuk penelitian selanjutnya tentang keragaman genetik M. pendula.